Нило-Столобенская пустынь расположена на острове Столбном  возле восточного берега озера Селигер, примерно в 15 километрах от Осташкова. Это одно из красивейших мест Селигера. Добраться сюда легко. Не доезжая до Осташкова примерно километр, на трассе Торжок-Осташков вправо, в сторону Ниловой пустыни, отходит поворот.